Una colonia bacteriana en 3D "Extended Depth of Field"

Habitualmente me gusta sacar algún tipo de utilidad al material viejo que va a ir al autoclave y luego a la basura. El otro día le tocó a la placa de la imagen que veis arriba.  Se trata de un cultivo de posibles metilobacterias. El medio que utilizo para ellas tiene una curiosa propiedad al secarse, forma cristales de lo que supongo es sal.

Aunque la matriz de agar mantiene el agua atrapada bastante bien, al final termina por secarse lentamente. Cuando esto ocurre normalmente el volumen de del medio de cultivo se reduce, quedando una fina lámina seca como un papel.  Sin embargo este medio de cultivo antes de llegar a ese extremo forma los ya mencionados cristales.  Esto se traduce en un aumento de la concentración de solutos al que las bacterias se adaptan con mayor o menor éxito.  

En cualquier caso las colonias terminan por secarse, cambiando su aspecto y muchas veces arrugándose sobre si mismas como una hoja de un árbol al secarse. 

                       

En esa foto hay dos ejemplos que me han parecido bastante bonitos, puede verse como la colonia se ha ido retrayendo sobre si misma dejando una huella.    A la colonia con forma de "frambuesa"  le hice un par de fotos más.                                                                                                                           

Una de ellas la he mandado a un concurso de fotografía, a ver si hay suerte y puedo comprarme una cámara nueva.  Con las otras decidí jugar un poco para de camino aprender a manejar algo llamado "Extended Depth of Field" un plug-in  de imagej. 

Lamentablemente no hice suficientes fotos para conseguir un buen resultado... Estoy deseando volver a intentarlo en septiembre.  

Abajo tenéis el resultado. 

 El material y las instrucciones para utilizar todo esto,  aquí.