Guía rápida sobre Geles de Agarosa

(No pretendo sentar cátedra sobre el tema, del que soy un ignorante si me comparo con quienes me han enseñado, así que sirva este post como una guía para llegar al cátodo y no quedar atrapado en el entramado polimerizado)

Soy un gel zoooombieee 

Presumimos de ser personas racionales, científicos que no hacen nada sin tener un motivo... Sin embargo,  ¿cuántas veces haces cosas porquesí"
Comer XXXX esto en la cena es malo, te dará una indigestión. Ese zumo te curará el resfriado, el gel de agarosa hay que ponerlo a poco voltaje,  eh! cuidado con la sal...que da mala suerte. Bah, la campana de flujo se puede usar entera, lo de la linea en la mitad es un mito...
En fin, ya sabéis por dónde voy...  Así que hagámoslo más simple, ¡que para complicaros la vida ya tendréis los papers!

Concentración del gel. 
Los protocolos hablan de rangos de 0.3% a 4% dependiendo si usas agarosas especiales (caras), pero como asumo que si estás leyendo esto...tu caso se encontrará entre los más comunes vamos a ahorrarnos esos extremos.  ¿Fragmentos grandes? agarosa al 1%,  ¿fragmentos muy pequeños? agarosa al 2%.   ¿No lo sabes? Pues empieza por el 1% y ajusta según lo que obtengas... Ensayo error, lento si... Pero así son las cosas.

¿TAE o TBE?.
Los humanos somos seres duales, nos gusta el enfrentamiento. Madrí Barsa. Vetis SeBilla. Pokémon Digimón, Estartreck, EstarWars, iOSh Androido....    ¿TAE o TBE?   ¡TAE A MUERTE!
Bueno no, son buffers similares y pueden usarse con cualquier tipo de agarosa... pero tienen propiedades distintas (si de verdad, os lo juro por pronadisa) Los TAE tienen baja fuerza iónica  y tamponan peor.  El TBE tiene una alta capacidad tamponante y mucha fuerza iónica.  Así que....  ¿Tus fragmentos son grandes y vas a correr el gel en menos de 25-30 min? ¡Dale al TAE!  ¿Cómo dices?, ¿Que son pequeños y para separarlos tienes que poner el gel casi una hora? Uf, entonces eres de TBE!

Ambos sirven para electroforesis analíticas, pero recuerda que el TBE tiene menor movilidad y dará mejor resolución para fragmentos menores a 1Kb. Mientras que con fragmentos mayores a 10kb el TAE te dará mayor resolución.     Respecto a la concentración... os diré que a más alta, más calentamiento y a más calentamiento más posibilidad de catástrofe.  La cosa suele girar entre 1X y 0.5X  Y supongo que en vuestros laboratorios lo preparan en cantidades industriales....así que tendréis que adaptaros.
¿Y con las preparaciones preparativas? Lo siento, pero aquí es TAE para todos... el TBE usa boro que puede fastidiar la posterior extracción de ADN.

¿Qué voltaje poner?.
La norma dice que: "El voltaje recomendado es 4-10 votl/cm (distancia entre el ánodo y el cátodo, no longitud del gel) en electroforesis horizontal."  En mi caso tengo una cubeta con voltajes "pre-fijados" así que no he tenido que llevarme la regla de BrEt...   Pero simplifiquemos.

Poco voltaje: La movilidad de las bandas se reduce, y tienden a ensancharse y difundir como pobres manchurrones difusos.
Demasiado voltaje: Disminuye la resolución, culpa del sobre-calentamiento del gel.   (realmente sigo debatiendo internamente la diferencia entre resolución y separación...)

Por lo cual, si le damos caña moveremos "todo el conjunto de bandas hacia abajo" pero si es demasiado las seguiremos viendo juntas pero muy abajo. Y si le damos poca caña, tendremos una mancha blanca difusa hacia los lados del carril que se extenderá haciendo imposible diferenciarla.
Por lo cual tenemos que probar.... Si nuestros fragmentos son grandes, una intensidad mediana será suficiente... Si son pequeños, necesitaremos más voltaje para separar rápido..pero con cuidado de no cargarnos el invento y perder muestras huidas...

¡Quiero más resolución, más más!.
Haz un gel fino...pero fino fino que luego se te caigan los goterones de sudor al pasarlo al Gel Doc... 3-4 mm es lo recomendable para mejorar la resolución...y amigos eso hablando de algo que polimeriza a temperatura ambiente es todo un reto de cocina... Pero bueno, con ir haciendo algo más fino del habitual "llenado de molde que no rebose" ya mejorará la cosa.  Otro aspecto a cambiar para ganar resolución es usar el peine estrecho, en lugar de los dientes anchos.  ¡Peine de dientes finos para afinar!

Fundir la agarosa...Pues en mi casa la funden en....
¡Nadie lleva la razón! Bueno depende...

Microondas: Rápido y cómodo.(que burbujee y que se vea totalmente transparente! (guiño guiño para @phoenix7003 por su consejo)
Baño caliente en ebullición: Más cómodo con altas concentraciones de agarosa, evitar grumos.
Autoclave: Sello de calidad, lento y coñazo pero la única forma de tener perfecto geles de +2%agarosa (¡¡y además estériles!!)

Extras:
¿Espuma en tu agarosa líquida?
-Deja que el polvo de agarosa hidratar en el buffer durante 10-15 min para que se hidrate antes de llevarlo a calentar para su disolución.
¿Bandas onduladas (sonrisa feliz, cara triste)?
-Puede que el peine no esté bien limpio, y queden restos secos pegados a él. También puede que al retirar el peine arrastre parte del gel, prueba a poner un poco de tampón cubriendo antes de extraerlo. Otro consejo aplicable siempre es que dejes el gel una vez sólido a 4ºC en la cámara fría (cuidado con el BrEt!) durante 15 o 30 minutos antes de usarlo.